ان تأثير القهوة الساخنة لا يختلف عن تأثير اي من المشروبات الساخنة التي قد نتناولها، ومن أهم مخاطر القهوة الساخنة:
1- سرطان الحنجرة: ان شرب القهوة الساخنة قد يؤدي ايضاً الى الاصابة بسرطان الحنجرة ما ما يعرف بسرطان المرئ، حيث ان القهوة الساخنة تزيد مخاطر الاصابة بالسرطان 4 مرات أكثر من المعتاد.
2- الجفاف: ان الماء السخن كذلك الموجود في القهوة، لا يمكن أن يعوض السوائل التي يفقدها الجسم، وبالتالي فان الماء البارد يمتصه الجسم بمعدل أسرع من المياه الدافئة وأكثر فعالية لمقاومة الجفاف.
3- التخفيف من القدرة على التحمل: ان شرب القهوة الساخنة باستمرار تؤدي الى ضعف القدرة على التحمل لا سيما بعد الدراسات التي أجرتها جامعة برنمنجهام في المملكة المتحدة في العام 2006.
4- سرطان الحلق: ان تناو القهوة ساخنة يزيد من مخاطر الاصابة بسرطات الحلق بحسب دراسة أجراها مركز أبحاث مستشفى شريعتي لجامعة طهران للعلوم الطبية في العام 2009.
5- رفع مستويات الرصاص في الجسم: ان شرب القهوة ساخنة قد تؤدي الى زيادة الرصاص السيء قي الجسم، لأن الماء الساخن يحتوي على مستويات أعلى من الرصاص مقارنة مع الماء البارد.
6- تقلل من متعة الشرب: ان تقديم القهوة الساخنة تقلل من الإحساس بالطعم ويسبب حروق في الفم، لا سيما منطقتي سقف الحلق واللسان، الا انه يكفي مص قطعة من الثلج لتخفيف الالم على الفور والتهيج الناجم عن السائل الساخن .